最好还是找个别的公司愿意接受你，让你挂在他们公司让你做自由船员，有你新公司出面摆平，大都是这个办法。 祝你好运。
公司扣押证件是违反相关规定的，可以去劳动监察部门投诉。扣押证件可以通过以下途径维权：发生扣押证件的问题劳动者要向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人；不属于劳动仲裁委员会和人民法院的受案范围。
其实问题很简单,海员证很容易办理,你脱离原来的的中介劳务后去海事局注销你的海员证,然后委托你新的公司去办理新的海员证.这个不是很复杂的问题.你现在的海员证是以这家劳务公司的名义办理的他当然有权利扣留的,所以你去注。
协商不成或者一方当事人不愿意协商的，那么可以到当地劳动行政部门投诉；投诉效果不佳的，那么当事人也可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁；协商、投诉以及仲裁都无法解决的，
当然证书的所有权归公司所有。在离开公司时，要和公司坐下来好说好商量，力争要回证书。或主动还给公司当年的教育培训考证费用。如果公司始终不同意的话，最后一步，就是到注册部门(或住建厅或建委)，申请证书丢失挂失。
这要看是什么原因扣的证书了，假如是公司的原因，你就直接去公司所在地的海事局船员处反应情况，一般他们会给你解决的。假如你是的原因，最好就想处理好和公司的关系咯。
法律分析：船员证被公司扣留，可以通过法律途径进行诉讼。船员证是由海事部门核发给该国或国际航行船舶船员的证件，在进出境时交边防检查人员检查登记。是国际航行船舶船员的有效证明文件。申报船员证需要如下材料：办理船员。
法律分析：我国法律规定出公安机关办案需要外其他任何单位个人无权扣留公民的身份证。这种况如果索要无果的话，可以向公安机关报案。公安机关会依法作出处理。法律依据：《中华人民共和国居民身份证法》第十六条 有下列行为之一的。
应当在三日以内解除查封、扣押，退还原主或者原邮电部门、网络服务单位；原主不明确的，应当采取公告方式告知原主认领。在通知原主或者公告后六个月以内，无人认领的，按照无主财物处理，登记后上缴国库。
海事局是执法机关，当然有扣留船舶证件的权利。
